V březnu 2005 HELIKA získala certifikát zavedení systému environmentálního managementu ISO 14001:2004 potvrzující dodržování zásad ochrany životního prostředí. Certifikát je platný pro zpracovávání urbanistických řešení a architektonických návrhu staveb, navrhování a zpracování komplexní projektové dokumentace pozemních staveb.
V květnu 2007 HELIKA získala certifikát zavedení systému managementu bezpečnosti OHSAS 18001:2007 potvrzující dodržování zásad bezpečnosti práce. Certifikát je platný pro zracování urbanistických řešení a architektonických návrhů staveb; navrhování a zpracování komplexní projektové dokumentace pozemních staveb, dopravních staveb a infrastruktury včetně autorských dozorů; inženýrské činnosti ve výstavbě a poskytování souvisejících služeb včetně technických dozorů.

HELIKA má certifikovaný systém řízení jakosti dle mezinárodních standardů ISO 9001:2008, jímž je deklarována vysoká úroveň poskytovaných služeb v oblasti navrhování pozemních a dopravních staveb a infrastruktury a poskytování inženýrských služeb.
HELIKA je od roku 2002 kvalifikována pro práci na speciálních projektech zejména pro armádu, Ministerstvo vnitra ČR či NATO certifikátem Národního bezpečnostního úřadu. V současné době je prověřena na stupeň důvěrné.